一、新生报到注册流程
1、新生按录取通知书的要求及当年的“研究生报到入学日程”安排到所在院系办理入学注册手续，未按规定期限报到或超过请假期限未报到的，视为自动放弃入学资格，学校将取消其研究生入学资格。
2、新生须按时参加校医院组织的入学体检，体检不合格者可办理保留入学资格手续，暂不予以注册学籍，保留入学资格期限为1年。保留入学资格的新生，应在下学年开学前两周提出入学申请，由学校指定医院诊断，符合体检要求，经复查合格，办理入学手续；期满后未按规定申请入学，或申请入学但体检复查不合格者，取消入学资格。
3、新生需上“研究生学籍与教学管理系统” （http://pyb.nju.edu.cn/）及教育部学信网（http://www.chsi.com.cn/）核对学籍信息，有问题及时向所在院系反映，由院系汇总到研究生院统一处理。
4、完成全部注册手续、体检合格，并由学校统一在教育部高等教育学生信息网“学籍学历管理平台”成功注册学籍的新生，正式取得研究生学籍。
二、保留入学资格办理流程
1、体检不合格的新生，由校医院开具体检结果报告，送交研究生院，经研究生院院长批准，可保留入学资格一年，在此期间不享受在校生的待遇。
2、研究生院将保留入学资格的通知发到新生所在院系，凭此通知办理相关手续。
3、保留入学资格期限为一年，期满前两周提出入学申请，由校医院指定医院复查。复查结果由校医院开具，并送至研究生院由院长批准。复查合格的，可办理入学手续，不合格的取消入学资格。
三、研究生各类学籍异动办理流程
1、研究生休学、退学、延期毕业、提前毕业等各类学籍异动申请，可登录“研究生学籍与教学管理系统” （http://pyb.nju.edu.cn/，以下称学籍系统），点击“学籍变更”，选择相应的学籍异动，在网上提交申请后，再将纸质申请表打印出来，按表格上的要求逐项办理。
2、各类申请表格都应盖有所在院系的公章（红色、圆形），审批者应分别签署意见、姓名（需手写）、日期。
3、申请表完成后交所在院系教务老师（或其他负责的老师）统一送研究生院审批，研究生院将批准通知发送至各相关院系，申请的同学到所在院系领取批准通知，同时可在学籍系统中查看异动信息。
四、研究生在读证明办理流程
1、研究生在读证明可在研究生学籍与教学管理系统（http://pyb.nju.edu.cn/）下载。按提示登录进入个人页面，打开“基本信息”，点击“打印在读证明”按钮，核对无误后将证明打出，到研究生院培养办公室审核。
2、办理在读证明时请带学生证，学生证每学期需按时注册。
3、具体办理时间：仙林校区每周二上午；鼓楼校区每周三上午。
五、火车优惠卡办理及充值流程
1、新生报到注册后，符合条件的同学登录研究生学籍与教学管理系统http://pyb.nju.edu.cn/填写乘车信息：登录—学生信息—自然信息，按要求填写并提交。家庭所在地与乘车区间须一致，该信息将被写入火车卡并上报至教育部网站。因家庭所在地变更需更换乘车区间的，须提供公安部门的户籍证明，上报至教育部网站后统一更改。
2、院系将火车优惠卡登记表送研究生院审查，合格后领取优惠卡并发给新生贴于学生证上。第一学年可直接使用（寒暑假往返四次），第二学年起，每学年九月份报到时由院系统一充值一次。按出厂时的设定，优惠卡每次充值次数固定为4次，上学年未用完的次数不累加，将被覆盖；优惠卡使用期限与基本学制（3年）相同，超期后将不能再充值使用也不可再领新卡。
3、按铁路运输管理部门规定，学生票分段发售时，由发售第一段车票的车站在学生优惠卡中划销次数，中转站凭上一段车票售票，不再划销乘车次数。
4、请妥善保管优惠卡，遗失或损坏后按结余数量予以补发，发完为止。
六、研究生证补办流程
1、在研究生院网站首页（http://grawww.nju.edu.cn/content/xj.htm）“学籍”窗口下载“南京大学补发学生证申请书”填写。
2、在提交纸质申请书的同时，请登录研究生院学籍与教学管理系统（http://pyb.nju.edu.cn/logout.action），点击学籍变更—研究生证遗失申请，填写并提交。
3、补办研究生证者请带近期一寸证件照片一张。
4、具体办理时间：仙林校区每周二上午；鼓楼校区每周三上午。
七、毕业证书办理流程
1、毕业证书每年办理四次，分别是3月、6月、9月、12月中旬。请同学们结合自己的求职或深造需求，合理安排答辩时间，及时获取毕业证书。
2、办理毕业证书必须符合以下条件：a.必须通过论文答辩。b.将答辩成绩或相关答辩材料交本院系教务老师处审核。c.已拍摄毕业电子照。d.受留校察看处分，毕业时处分已终止。
3、毕业证书经研究生院审核并加盖章、印，由所在院系发放。
八、研究生离校手续办理流程
1、在研究生院网站首页 “学籍”窗口下载“南京大学研究生离校手续单” （http://grawww.nju.edu.cn/content/xj.htm）。
2、按手续单上要求至各部门办理手续，全部办理完毕后交至所在院系。
九、研究生毕业证明书办理流程
研究生毕业证书遗失后，可办理“毕业证明”。申请人需准备以下材料，到研究生院培养办公室办理：
1.申请人的书面申请，申请须写在申请人的身份证复印件上；
2.申请人所在单位人事部门签字、盖章确认；
3.在公开发行的报纸上登报声明丢失的毕业证书作废；
4.申请人在校时的学籍档案和当年的研究生录取名册复印件（到学校档案馆办理）；
5.两寸彩色证件近照一张；
6、若系他人代办，还须提供：申请人的委托书及身份证原件，代办者的身份证原件及复印件一份。